商铺二层改三层涉及到建筑结构、安全、消防等多方面的因素，因此需要办理相应的审批手续。以下是一般需要遵循的步骤：
1. **规划许可**：
- 向当地城乡规划局提交申请，包括改造方案、图纸等。
- 规划局会对改造方案进行审核，确保改造后的建筑符合城市规划要求。
2. **建筑设计审查**：
- 邀请具有相应资质的设计单位进行建筑设计，确保改造后的建筑结构安全、合理。
- 设计完成后，需提交给规划局进行审查。
3. **施工许可**：
- 向建设局或住房和城乡建设局申请施工许可。
- 提交施工图纸、施工方案、施工组织设计等材料。
4. **消防审核**：
- 向消防部门申请消防审核，确保改造后的建筑符合消防安全要求。
- 需提交消防设计图纸、消防设施配置方案等。
5. **环保审批**：
- 如改造过程中涉及噪音、粉尘等污染，需向环保部门申请审批。
6. **其他相关部门的审批**：
- 根据具体情况，可能还需向其他相关部门申请审批，如土地、水务、电力等。
7. **办理施工手续**：
- 在所有审批手续齐全后，可以开始施工。
8. **验收**：
- 施工完成后，需进行竣工验收，确保改造后的建筑符合所有审批要求。
请注意，具体需要的审批手续和流程可能会因地区而异，建议您咨询当地相关部门或专业人士，以获取最准确的信息。
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