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两个等位基因控制一对相对性状的本质区别在于它们的核苷酸序列不同。等位基因位于同源染色体上相对应的位置，控制着同一种性状的不同表现。每个等位基因由一条DNA链组成，由成对的核苷酸（A、T、C、G）按一定的顺序排列。

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当等位基因的核苷酸序列发生改变时，可以导致蛋白质的氨基酸序列改变，进而影响蛋白质的结构和功能，进而表现为不同的性状。例如，决定眼睛颜色的等位基因可能通过不同的核苷酸序列编码出不同版本的色素蛋白，导致蓝色或棕色眼睛的出现。简而言之，等位基因之间的差异在于它们的DNA序列，这种差异决定了它们产生的蛋白质及其生物学效应的不同。

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